El financiamiento del Sistema Estatal de Ciencia, Tecnología e Innovación es el conjunto de recursos económicos públicos, privados y sociales, necesarios para el adecuado desarrollo de la investigación científica y tecnológica y la innovación.

El COZCYT, deberá remitir anualmente su Proyecto de Presupuesto de Egresos a la Secretaría de Finanzas, en el que deberá prever los recursos materiales y financieros necesarios para su funcionamiento administrativo y para la creación de los fondos institucionales.