La Secretaría estará a cargo del Secretario, quien ejerce autoridad jerárquica sobre todo el personal de la misma y tiene el mando directo de la Policía Estatal, la Policía Preventiva de Tránsito, la Policía de Vigilancia y Custodia del Sistema Penitenciario y del Sistema de Justicia para Adolescentes y la Policía Metropolitana.